Documentazione

Yggdrasil è una piattaforma open source per raccogliere, visualizzare, annotare, elaborare ed esportare immagini mediche 2D e 3D. I browser de-identificano e cifrano ogni file prima del caricamento, così il server conserva solo testo cifrato più un elenco documentato di metadati.

Da dove iniziare

• Installazione con Docker Compose: cosa serve a un’istanza e come avviarne una.
• Modello di privacy e sicurezza: cosa è cifrato, chi detiene le chiavi e cosa può ancora vedere il gestore.
• Annotare: come il lavoro si salva da solo e come funzionano attività, forme, maschere, attività per regione e correzioni.
• Formati supportati: quali file accetta ogni modalità, come sono riconosciuti e cosa convertire prima.
• Specifiche: i contratti pubblici per manifest, annotazioni, plugin, processori e il formato di cifratura YGG1.
• Guida rapida all’SDK dei processori: esegui il tuo modello sui dati di un progetto con Python.
• Plugin e catalogo dei plugin: aggiungi plugin di modalità e tipi di annotazione a un’installazione, e scrivi i tuoi.
• Caricamento massivo da riga di comando: carica grandi dataset con ygg, de-identificati e cifrati sul tuo computer.
• Esportare i dati: scegli cosa esportare, chi lo decifra e come scaricare e verificare l’archivio.

Un’istituzione per installazione

Ogni installazione di Yggdrasil appartiene a un’unica istituzione e contiene solo i progetti di ricerca di quell’istituzione; i partner di altre istituzioni vi partecipano come membri invitati. Un’altra istituzione installa la propria con Docker Compose: la stessa release, senza funzionalità chiuse e senza i dati delle altre installazioni. I ricercatori di un’istituzione che ne gestisce una richiedono un progetto dalla sua pagina iniziale.

Licenza

Yggdrasil è software libero distribuito con licenza GNU AGPL v3.0, e l’uso in ricerca è libero secondo questa licenza. Un’installazione che esegue una versione modificata rimanda dall’app al proprio codice sorgente (AGPL §13; vedi la guida all’installazione). Le aziende sostengono lo sviluppo e l’hosting tramite sponsorizzazioni. Per un uso a cui la AGPL non si adatta, come un prodotto chiuso, AImageLab offre una licenza separata, concordata caso per caso: contatta AImageLab. La release AGPL resta invariata.

Termini usati in queste pagine

Termine	Significato
Progetto	Uno studio con i propri membri, la propria chiave, il proprio manifest e i propri dati.
Manifest	Il documento JSON versionato che stabilisce le modalità, le attività, i processori e le guide di un progetto.
Membro	Una persona con un ruolo in un progetto: amministratore, annotatore o osservatore. Gli annotatori possono anche essere autorizzati a caricare o eseguire processori.
Centro	Un centro partecipante all’interno di un progetto. I membri possono essere limitati ai pazienti del proprio centro.
Processore	Un programma esterno che prende in carico i job, decifra i propri input e invia i risultati.
Worker di esportazione	Un programma a cui un progetto affida la decifratura e il confezionamento delle esportazioni: quello di questo server, o uno gestito dall’istituzione del progetto.
Superamministratore	Un gestore dell’istanza. I superamministratori gestiscono progetti e account ma non possono leggere i dati dei progetti.