Formati supportati

Un progetto accetta i formati elencati dalle sue modalità: il passo Modalità della procedura guidata mostra i formati di ogni modalità e un amministratore del progetto sceglie tra questi. La pagina Carica dati e il comando ygg leggono un file solo quando una delle modalità del progetto ne accetta il formato, e dicono perché escludono ogni altro file. Nulla viene convertito: la piattaforma conserva ogni file com’è arrivato, togliendo solo ciò che identifica il paziente, e i visualizzatori leggono il formato conservato.

Formati

I file sono riconosciuti dai primi byte quando il formato ha una firma, quindi l’estensione non conta; i file STL, OBJ, WFDB e NIfTI compressi con gzip, che non ne hanno, sono riconosciuti dal nome.

Formato	ID	Estensioni
DICOM	`dicom`	`.dcm`, `.dicom`, `.dic`, nessuna
NIfTI-1, NIfTI-2	`nifti`	`.nii`, `.nii.gz`, `.hdr` + `.img`
NRRD	`nrrd`	`.nrrd`, `.nhdr` + dati
PNG	`png`	`.png`
JPEG	`jpeg`	`.jpg`, `.jpeg`
HEIC	`heic`	`.heic`, `.heif`
MP4, QuickTime	`mp4`	`.mp4`, `.m4v`, `.mov`
WebM, Matroska	`webm`	`.webm`, `.mkv`
TIFF, BigTIFF	`tiff`	`.svs`, `.tif`, `.tiff`
STL	`stl`	`.stl`
PLY	`ply`	`.ply`
Wavefront OBJ	`obj`	`.obj`
EDF, EDF+, BDF	`edf`	`.edf`, `.bdf`
WFDB	`wfdb`	`.hea` + `.dat`

DICOM: il marcatore DICM dopo il preambolo di 128 byte, o un data set che inizia con un elemento valido del gruppo 0002 o 0008, quindi sono accettati i file senza il preambolo Part 10 e i file senza estensione. La Modality del file (0008,0060) sceglie la modalità che lo accetta (tabella sotto). Un file con nome da DICOM che non è DICOM è rifiutato come non Part 10; la stessa istanza ripetuta è esclusa.
NIfTI: il magic dell’intestazione (n+1, n+2); i file gzip dal nome. Una coppia di due file è un .hdr (magic ni1, ni2) e un .img, ciascuno eventualmente compresso con gzip, con lo stesso nome nella stessa cartella; uno senza l’altro è rifiutato.
NRRD: il magic NRRD000. Un’intestazione separata (.nhdr) richiede nella sua cartella i file di dati che nomina (.raw, .raw.gz, .zraw o qualsiasi altro nome); un’intestazione senza di essi, o un file di dati che nessuna intestazione nomina, è rifiutato. I dati compressi con bzip2 sono rifiutati.
HEIC: un box di tipo file che nomina un brand HEIC (foto da telefono). AVIF e le sequenze di immagini HEIF non sono HEIC.
MP4, QuickTime, WebM, Matroska: un box di tipo file (non quello di un’immagine HEIF o AVIF), i file QuickTime più vecchi da un box moov, mdat, wide, free o skip e da un nome da video; WebM e Matroska dalla firma EBML. Il browser decodifica i fotogrammi (WebCodecs), quindi il codec del video deve essere uno che decodifica.
TIFF: in entrambi gli ordini dei byte. Vetrini piramidali a tile (Aperio SVS, OME-TIFF) e pile di piani; i tile in JPEG 2000 o in un’altra compressione che i visualizzatori non decodificano sono rifiutati.
STL, PLY, OBJ: STL binario o ASCII e OBJ dal nome, PLY dalla sua riga magic ply. Le nuvole di punti senza facce, i formati PLY sconosciuti e i file incoerenti sono rifiutati.
EDF, BDF, WFDB: EDF e BDF dai primi byte dell’intestazione; un record WFDB dal nome, un’intestazione .hea con i file di segnale .dat che nomina. Sono rifiutati EDF+ discontinui (EDF+D), file di sole annotazioni, record WFDB multisegmento e formati WFDB diversi da 16, 61, 80, 160, 212, 24 e 32.

I file più grandi di quanto il browser possa de-identificare in memoria sono rifiutati come troppo grandi.

Modalità

Una modalità è un plugin: dice quali formati accetta e, per DICOM, quali valori di Modality (0008,0060). Un file DICOM di una Modality che nessuna modalità del progetto accetta è escluso e nominato. La CBCT è conservata come TC.

Modalità	Formati	Modality DICOM
Immagini 2D (`ygg.image2d`)	DICOM, PNG, JPEG, HEIC	`CR`, `DX`, `MG`, `IO`, `PX`
Volumi (`ygg.volume`)	DICOM, NIfTI, NRRD	`CT`, `MR`, `PT`
Ecografia (`ygg.ultrasound`)	DICOM singole e cine, MP4, WebM	`US`
Video (`ygg.video`)	MP4, WebM	nessuna
Vetrino digitale (`ygg.slide`)	TIFF piramidale, DICOM	`SM`
Mesh di superficie (`ygg.mesh`)	STL, PLY, OBJ	nessuna
Segnali (`ygg.signal`)	DICOM, EDF, BDF, WFDB	`ECG`, `EEG`, `EMG`, `EOG`, `HD`, `RESP`
Solo moduli (`ygg.forms`)	nessuno	nessuna

La procedura guidata le raggruppa per categoria: radiografia proiettiva (immagini 2D), radiologia volumetrica (volumi), ecografia, video, patologia digitale (vetrini digitali), mesh di superficie, segnali e moduli.

Quando due modalità di un progetto accettano lo stesso formato (una modalità ecografica e una video accettano entrambe MP4), il file va alla prima del manifest che lo accetta. Ogni istanza DICOM di forma d’onda è una serie a sé. Le immagini etichetta, panoramica e miniatura di un vetrino digitale DICOM sono escluse, perché mostrano l’etichetta del vetrino.

I plugin del catalogo possono aggiungere modalità e formati propri: vedi Scrivere un plugin di modalità.

Visualizzatori

Modalità	Layout	Visualizzatore
Immagini 2D	`single`	Pila di immagini
Volumi	`mpr`, `plane`, `mpr-3d`, `stack`	MPR (tre piani), un piano, MPR con 3D o pila di sezioni; gli studi RM dell’encefalo possono aprirsi come quattro piani collegati (T1, T1c, T2, FLAIR)
Ecografia	`cine`	Lettore fotogramma per fotogramma sulla pila di immagini
Video	`player`	Lettore fotogramma per fotogramma sulla pila di immagini
Vetrino digitale	`slide`	Visualizzatore di vetrini a tile
Mesh di superficie	`mesh`	Visualizzatore di mesh 3D
Segnali	`waveform`	Visualizzatore di forme d’onda con canali, guadagno e scala dei tempi

Il manifest di un progetto sceglie il layout di ogni modalità; la procedura guidata offre i layout che il suo plugin elenca.

Non supportati

Questi file sono esclusi con un motivo nella pagina Carica dati e in ygg. Convertili prima, poi carica il risultato.

File	Cosa fare
ZIP e altri archivi	Estraili, poi scegli o trascina la cartella.
DICOMDIR	Il file indice non è un’immagine ed è escluso. Scegli o trascina l’intera cartella: le immagini che elenca sono lette dai loro byte, con o senza estensione.
MetaImage (`.mha`, `.mhd`)	Converti in NIfTI o NRRD (per esempio con SimpleITK o 3D Slicer).
AVI	Converti in MP4 o WebM (per esempio con FFmpeg).
Hamamatsu NDPI, MIRAX (`.mrxs`)	Converti in TIFF piramidale o OME-TIFF (per esempio con bfconvert o vips).
NRRD con dati compressi bzip2	Salvalo di nuovo con codifica raw o gzip.