Annotare

Gli annotatori rispondono alle attività di un progetto nell’area di lavoro: la worklist a sinistra, le immagini al centro e il pannello delle attività a destra. Il manifest del progetto stabilisce quali attività esistono, a quale livello (paziente, studio, serie o immagine) e con quali etichette. La guida dell’area di lavoro (il pulsante ?, o la proposta alla prima visita) illustra le attività dell’elemento a schermo, con le loro etichette e i loro tasti. Le serie mostrano una piccola miniatura nella worklist quando le loro immagini hanno potuto generare un’anteprima al caricamento, e le schede Linea guida di un’attività mostrano le indicazioni scritte dagli amministratori con immagini di esempio per ogni opzione o etichetta.

Modalità annotazione

L’area di lavoro si apre in modalità visualizzazione: scorri la worklist, usa ogni strumento del visualizzatore e leggi le risposte. Per rispondere, premi Annota nella barra in alto (o Shift+A). La modalità annotazione nasconde la worklist e i pannelli laterali, mostra solo le attività dell’elemento aperto e aggiunge gli strumenti delle attività (modalità del pennello, strumenti di disegno) alla barra degli strumenti sopra l’immagine; su un video il lettore si ferma e resta sul suo fotogramma. Elemento successivo resta nella barra in alto. Esci (o Esc, quando non resta nient’altro da annullare) torna alla modalità visualizzazione: ciò che è in sospeso viene salvato subito e, in un progetto che invia all’uscita, le tue risposte sullo schermo vengono inviate. La modalità annotazione fa parte dell’indirizzo della pagina, quindi un ricaricamento o Blocca ti riportano lì.

Il lavoro si salva da solo

Non esiste un pulsante per salvare. Ogni risposta, forma e tratto di pennello viene salvato da solo, due volte:

Su questo dispositivo, subito, cifrato con la chiave del progetto: un ricaricamento, una scheda chiusa, un crash del browser, una connessione persa, Blocca, l’uscita o una sessione scaduta non fanno perdere nulla.
Sul server, pochi secondi dopo, cifrato allo stesso modo. Le bozze che il server non ha ancora ricevuto vengono inviate quando tornano la connessione o la sessione, la prossima volta che il progetto viene aperto su questo dispositivo.

La nuvola nella barra in alto dice a che punto è il tuo lavoro: salvato sul server, in salvataggio, conservato su questo dispositivo mentre sei offline, oppure un problema. Premila per i dettagli: ciò che è conservato solo su questo dispositivo, ciascuna voce con il motivo (il server l’ha rifiutata, la sua attività non è più nel manifest, è stata modificata altrove nel frattempo, oppure i tratti di maschera attendono che la loro serie venga aperta). Apri ti porta all’elemento, Riprova invia di nuovo una modifica rifiutata, e Copia e Scarta servono per ciò che non può più essere salvato.

Le bozze sul dispositivo non lasciano mai il dispositivo in chiaro, e si aprono solo con la chiave del progetto. Una bozza scritta su un altro computer resta su quel computer finché non raggiunge il server.

Invio. Non c’è un pulsante Invia. Per impostazione predefinita ogni risposta viene inviata appena è completa e valida, e modificare una risposta inviata la revisiona. I progetti che conducono studi in cieco con più lettori inviano invece all’uscita: le risposte restano bozze, salvate e visibili a te, finché non esci dalla modalità annotazione o dall’elemento, e vedi le risposte degli altri lettori solo dopo aver inviato le tue. Ogni modifica, prima o dopo l’invio, è conservata come nuova revisione.

Cronologia. Ogni volta che entri in modalità annotazione e ne esci è una sessione. In modalità visualizzazione, Cronologia in fondo al pannello delle attività elenca le sessioni che hanno modificato l’elemento aperto: chi, quando, per quanto tempo e quali attività. Anteprima mostra le maschere e le forme di una sessione come erano alla sua fine, e le sue altre risposte come testo sotto di essa; Ripristina riporta quello stato come nuova revisione, compreso ciò che una sessione successiva ha eliminato; Elimina questa sessione annulla ogni modifica fatta da una tua sessione, su ogni elemento, una volta terminata, e riporta le forme, le maschere e le risposte che ha eliminato (elimina prima le sessioni successive se hai modificato o eliminato di nuovo le stesse annotazioni). Una sessione eliminata resta nella cronologia, segnata come eliminata.

Registro di processo. Mentre annoti, il browser registra come lo fai, per la ricerca sul processo di annotazione: gli elementi che apri, il tempo attivo e inattivo, la navigazione, gli strumenti che attivi, i tratti delle maschere, quali risposte e forme sono cambiate (mai cosa dicono), annullamenti e ripristini, le linee guida aperte e l’uso degli strumenti di IA. È cifrato come le tue annotazioni e salvato per sessione. La configurazione del progetto sceglie tutto (l’impostazione predefinita), solo riepiloghi per elemento, oppure niente; gli amministratori possono includerlo nelle esportazioni.

Attività e risposte

Classificazioni e valori: fai clic su un’opzione o digita la risposta; i tasti numerici scelgono le opzioni dell’attività attiva.
Le attività obbligatorie vanno risposte prima che la loro sezione possa essere inviata (all’uscita, nei progetti che inviano all’uscita) o che l’elemento sia completo. Alcune attività possono essere mostrate solo per certe risposte di un’altra attività.
Elemento successivo (il tasto indicato dalla guida) apre l’elemento successivo che richiede ancora le tue risposte, comprese le risposte obbligatorie per regione.

Forme

Punti, riquadri e poligoni si disegnano sulle immagini: scegli l’etichetta, poi disegna. Un riquadro si trascina oppure si posiziona con due clic su angoli opposti; un poligono si traccia con un clic per vertice e si chiude sul primo vertice o con Enter.

Modifica: seleziona una forma, poi trascina una maniglia, oppure fai clic su una maniglia e poi sul punto di destinazione, oppure premi i tasti freccia (Shift sposta di più). La riga della forma nel pannello delle attività ne cambia l’etichetta.
Fori: seleziona un poligono, premi Ritaglia un foro e disegna il foro al suo interno.
Una forma in corso viene salvata come qualsiasi altro lavoro: dopo un ricaricamento è ancora lì.
Annulla e ripeti coprono disegno, modifica ed eliminazione.
Immagini whole-slide (vetrini di anatomia patologica: SVS, OME-TIFF, TIFF piramidale, immagini whole-slide DICOM) si aprono nel visualizzatore di vetrini: trascina per spostare la vista, scorri o usa il pinch per lo zoom, = e - per lo zoom e i tasti freccia per spostare la vista da tastiera, R per vedere l’intero vetrino. Vengono letti e decifrati solo i tile a schermo. Le forme sono disegnate e conservate alla piena risoluzione del vetrino, e misurate in millimetri quando lo scanner ha registrato la scala del vetrino. Un vetrino DICOM si carica come la sua cartella di istanze: i suoi livelli diventano una serie, e le sue immagini di etichetta e di panoramica vengono escluse, poiché mostrano l’etichetta del vetrino fisico. Una pila di piani (endomicroscopia confocale, piani focali o canali in un unico TIFF) mostra un piano alla volta: Page Up e Page Down passano dall’uno all’altro, e una forma appartiene al piano su cui è disegnata. I vetrini NDPI e MIRAX, e i vetrini TIFF con tile JPEG 2000, vanno prima convertiti in TIFF piramidale o OME-TIFF.
I video (MP4 e WebM) si riproducono nella barra del lettore video: Spazio o K avvia e mette in pausa, ← e → (o ↑ e ↓) avanzano di un frame, Pagina su e Pagina giù passano tra i frame annotati da un’attività, J e L (e i pulsanti ±1 s e ±10 s) saltano indietro e avanti, e # va a un numero di frame o a un tempo digitato (125, 1:02.5). Un’attività di fasi divide un video (o una registrazione di segnali) in fasi consecutive: scegli una fase e premi Inizia qui dove comincia; dura fino all’inizio della successiva. La timeline sotto il lettore mostra una traccia per fase: trascina un inizio, o selezionalo e premi ← e →, per spostarlo di un frame; con il clic destro (o Shift+F10) ci vai, ne cambi la fase o lo rimuovi; il clic destro su una traccia vi inizia quella fase; ingrandisci con i pulsanti o Ctrl+rotella. Riquadri e poligoni su un video seguono un oggetto: disegnalo su un frame, poi su un frame successivo copialo lì (Copia qui la forma del fotogramma n) e spostalo; nei frame intermedi la forma appare interpolata (punteggiata), e spostarla lì aggiunge un fotogramma chiave. Dopo l’ultimo fotogramma chiave l’oggetto resta dov’era finché non lo selezioni nel frame in cui esce dalla vista e premi Fuori vista da qui. Copia la maschera del fotogramma n fa lo stesso per una maschera, e Interpola dal fotogramma n riempie i frame tra la maschera di quel frame e quella di questo con la forma dell’etichetta selezionata, ricavata da entrambe (un solo passo di annullamento). Un processore che propaga una maschera lungo il video ne propone una per frame; Parti dalle maschere di questo job su n fotogrammi fa partire le tue maschere da quelle su ogni frame in cui non ne hai ancora una.
Ecografie, immagini statiche e cine loop (immagini DICOM a frame singolo e multiframe, o esportazioni MP4 e WebM), si aprono nel visualizzatore di immagini; un cine loop viene riprodotto nella barra del lettore video alla velocità registrata dallo scanner, con gli stessi tasti dei video. Le forme disegnate all’interno di una regione calibrata dallo scanner (contorno tratteggiato) sono misurate in millimetri; altrove in pixel. Le maschere si dipingono frame per frame, come sui video.
Mesh di superficie (scansioni intraorali e altre scansioni 3D di superficie: STL, PLY e OBJ) si aprono nel visualizzatore di mesh: trascina per ruotare la mesh, trascina con il tasto destro o con Shift per spostare la vista, scorri o usa il pinch per lo zoom; i tasti freccia la ruotano, = e - fanno lo zoom, R la mostra di fronte. Un’attività a punti posiziona landmark dove fai clic sulla superficie (trascina quello selezionato per spostarlo). Un’attività a regioni di mesh dipinge regioni della superficie con un pennello: Shift cancella, Ctrl inizia una nuova regione, [ e ] ridimensionano il pennello. Le coordinate sono quelle del file stesso (di solito millimetri). Le nuvole di punti (mesh senza facce) non sono accettate: esportale prima di nuovo come mesh.
Segnali (registrazioni ECG ed EEG: forme d’onda DICOM, file EDF, EDF+ e BDF, record PhysioNet WFDB) si aprono nel visualizzatore di tracciati: una corsia per canale su una griglia ECG, con velocità della carta ([ e ]), guadagno (= e −) e filtri di visualizzazione (passa-alto, passa-basso, notch) nella barra degli strumenti; trascina o scorri per muoverti lungo la registrazione. Attiva un’etichetta con Segna con, poi trascina sul tracciato per segnare un intervallo o fai clic per segnare un evento (Alt: su un solo canale); trascina un bordo per spostarlo, Delete rimuove il segno selezionato. Senza puntatore, ← e → spostano il cursore, Shift+← → selezionano un intervallo, Enter lo segna. I segni si salvano automaticamente come qualsiasi risposta.

Maschere (mappe di etichette)

Le attività di segmentazione si dipingono con un pennello:

Modalità: Dipingi, Soglia (dipinge solo entro un intervallo di intensità), Cancella e Accresci (riempie la regione entro l’intervallo a partire dal punto che premi). [ e ] cambiano il diametro del pennello, in millimetri.
Volumi (TC, RM, NIfTI, NRRD): dipingi su qualsiasi piano. Interpola le slice riempie le slice tra due slice che hai dipinto.
Immagini singole (fotografie, radiografie, una singola immagine DICOM): un’attività a livello di immagine dà a ogni immagine la propria maschera, dipinta nel visualizzatore di immagini. Su un’immagine senza spaziatura dei pixel il diametro del pennello è in pixel. L’interpolazione non si applica.
Visualizzazione: “Mostra la mia maschera” e l’opacità della maschera si trovano nel pannello delle attività.
Tocco e stilo: un dito o una penna disegnano e dipingono; due dita fanno zoom e spostano la vista. La pressione della penna imposta il diametro del pennello.

Attività per regione

Un’attività per regione chiede qualcosa su ogni forma o su ogni maschera etichettata di un’altra attività, per esempio il tipo di ciascuna lesione che hai contornato. Seleziona una forma (o una maschera salvata): le sue attività per regione compaiono sotto di essa nel pannello delle attività. Un punto segnala una forma a cui manca ancora una risposta obbligatoria, e l’invio chiede prima quelle risposte. Eliminare una forma elimina le sue risposte per regione.

Proposte dei processori

Un processore (un modello eseguito dal progetto) può proporre risposte, forme e maschere. Compaiono sotto Proposte dei processori nell’attività. Ogni proposta è una scheda: Usa questa risposta la adotta come tua risposta, che correggi come vuoi, o lasci invariata per confermarla (per una maschera, Mostra la disegna e Parti da questa la copia nella tua maschera). Nessuno accetta o rifiuta le proposte: conta la risposta che un membro ne ricava. Il tuo browser verifica la firma di ogni proposta rispetto alla registrazione del processore prima di mostrarla: una proposta che non supera la verifica lo segnala e non può essere ripresa.

Dettatura

Quando il progetto associa un processore di trascrizione a un’attività a testo libero, l’attività mostra Detta. Attivala, poi tieni premuto Tieni premuto per parlare (o Spazio su di esso) mentre parli: il testo compare mentre parli, e quando rilasci ricevi il testo come proposta. Tieni lo aggiunge alla tua risposta, che si salva come il testo digitato e può essere modificata; Scarta lo elimina. Il browser chiede una sola volta l’accesso al microfono, che resta aperto solo mentre tieni premuto il pulsante.

Il processore riceve la tua voce e nessun dato del progetto, e dichiara di non conservare alcun audio. Prima che tu registri, il pannello indica se l’attività conserva la tua voce: per impostazione predefinita si conserva solo il testo; un’attività impostata per conservare le registrazioni memorizza la registrazione di ogni dettatura tenuta, cifrata, insieme alla tua risposta, dove puoi riascoltarla, e la esporta.

Correzione e opinioni

Un’attività può aggiungere una fase di correzione. I suoi lettori rispondono prima a ogni elemento da soli; quando tutti i lettori di un elemento hanno inviato, gli altri annotatori dell’attività trovano l’elemento in Elemento successivo, e l’attività elenca le Annotazioni dei lettori da correggere. Parti da una con Usa questa risposta (Parti da questa per una maschera), correggila, o lasciala invariata per confermarla: la tua annotazione è la correzione, e l’ultima correzione è il valore dell’attività sull’elemento. I lettori non correggono i propri elementi. Quando l’attività divide i suoi elementi, può anche assegnare dei correttori per elemento: allora solo i correttori assegnati a un elemento lo trovano e lo correggono.

Opinioni nel pannello delle attività mostra le risposte, le forme e le maschere inviate da ogni lettore e le relative risposte per regione, le correzioni e, per le attività con più lettori, il consenso, che registrano gli amministratori del progetto. Lì nulla viene accettato o rifiutato.

Studi sui lettori

Un’attività può avere opzioni di ricerca, scelte quando si configura il progetto:

Sicurezza: una scala accanto all’attività (per le forme, sotto ogni forma) chiede quanto sei sicuro della tua risposta, da 1 a 5.
Risposte note: ciò che un amministratore del progetto risponde su un’attività di questo tipo è una risposta nota, che gli annotatori non vedono mai e rispetto alla quale si misurano i lettori. Il pannello delle attività indica agli amministratori quando le loro risposte sono risposte note.
Aiuto dell’IA casuale: la segmentazione intelligente e le proposte dei processori sono offerte solo su alcuni elementi, scelti a caso ma uguali per ogni lettore, così da confrontare le letture con e senza di esse. Sugli altri elementi vedi le risposte dei processori dopo aver inviato la tua.
Elementi ripetuti nascosti: alcuni elementi, scelti a caso ma uguali per ogni lettore, tornano più avanti nella tua coda per una seconda lettura indipendente, senza essere segnalati, così da confrontare le risposte di ogni lettore con le sue precedenti. Si vede solo l’attività da rileggere, vuota (senza le tue forme o maschere), con la sua domanda sulla sicurezza se ne ha una; la seconda risposta è conservata accanto alla prima, e la vedono solo tu e gli amministratori del progetto.

Approfondimenti

Modello di privacy e sicurezza: cosa il server può e non può vedere di questo lavoro.
Esportare i dati: come gli amministratori portano le annotazioni fuori dalla piattaforma.